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一、增值税相关

自主研发软件在增值税方面，一般纳税人销售自行开发生产的软件产品，按13%税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。比如，某软件企业销售额为100万元，销项税额13万元，若进项税额为5万元，应纳税额8万元。但因其软件产品实际税负超过3%，则可申请退还超出部分的税款。这里涉及到软件产品的界定，必须是经过国家版权局注册登记，纳税人在销售时一并转让著作权、所有权的计算机软件征收营业税，不征收增值税。同时，自主研发软件还可能涉及软件著作权转让等情况，转让著作权按销售无形资产缴纳增值税，税率为6%。（软件著作权转让是指软件著作权人将软件著作权中的全部或部分财产权有偿或无偿地移交给他人的法律行为。）
对于小规模纳税人销售自主研发软件产品，适用3%征收率。软件企业应准确核算软件产品的销售额，分别核算软件产品销售额和其他业务销售额，未分别核算或核算不清的，不得享受软件产品增值税优惠政策。
软件产品交付使用后，按期或按次收取的维护费、技术服务费、培训费等，不征收增值税；如果是随同软件产品销售一并收取的，应按照增值税混合销售的有关规定征收增值税。

二、企业所得税优惠

符合条件的软件企业可享受企业所得税优惠政策。我国对符合条件的软件企业，经认定后，在2017年12月31日前自获利年度起计算优惠期，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年按照25%的法定税率减半征收企业所得税，并享受至期满为止。对于国家规划布局内的重点软件企业，如果当年未享受免税优惠的，可减按10%的税率征收企业所得税。
企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的75%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的175%摊销。自主研发软件过程中的研发费用就可按此规定进行加计扣除，从而减少应纳税所得额。
软件企业的职工培训费用，应单独进行核算并按实际发生额在计算应纳税所得额时扣除。这有助于鼓励软件企业加大对职工培训的投入，提升企业的技术水平和创新能力。
，某软件企业当年利润为100万元，研发费用为20万元，若未加计扣除，应纳税所得额为100万元；加计扣除后，应纳税所得额变为100 - 20×75% = 85万元，可少缴纳企业所得税。

三、印花税规定

在印花税方面，自主研发软件涉及技术合同。技术合同包括技术开发、技术转让、技术咨询、技术服务等合同。软件研发过程中的技术开发合同，应按合同所载金额的万分之三贴花。
如果是软件著作权转让合同，属于产权转移书据，应按合同所载金额的万分之五贴花。企业签订软件相关合同时，要准确判断合同性质，正确计算缴纳印花税。
对于软件企业与受托方签订的委托开发软件合同，凡在合同中分别记载加工费金额与原材料金额的，应分别按“加工承揽合同”、“购销合同”计税，两项税额相加数，即为合同应贴印花；若合同中未分别记载，则应就全部金额依照加工承揽合同计税贴花。
印花税虽税额相对较小，但也是自主研发软件交税过程中不可忽视的环节，准确缴纳有助于企业避免税务风险。

四、出口退税政策

软件产品出口享受退税政策。软件产品出口后，凭出口合同等相关凭证，可申请退税。一般纳税人软件企业出口自行开发生产的软件产品，按规定享受增值税出口退税政策。
出口软件产品的增值税退税率为其适用税率。软件企业要及时收集整理出口相关资料，按规定流程申请退税，以获取资金支持。
，某软件企业出口软件产品销售额为50万元，进项税额为3万元，若适用退税率为13%，则可申请退税金额为50×13% - 3 = 3.5万元。
出口退税政策有利于软件企业拓展国际市场，增强产品的国际竞争力，同时也体现了国家对软件产业出口的支持。

五、税收征管要求

软件企业应按照税收征管法的要求，如实进行纳税申报。要准确核算收入、成本、费用等各项涉税事项，确保申报数据真实、准确、完整。
对于享受税收优惠政策的软件企业，应按规定向税务机关备案。如软件企业享受增值税即征即退、企业所得税优惠等政策，需准备相关资料进行备案，以备税务机关核查。
税务机关会对软件企业进行定期或不定期的检查。企业应积极配合，提供相关资料，对于检查中发现的问题及时整改。
，若税务机关检查发现某软件企业未准确核算软件产品销售额，可能会要求其补缴税款并加收滞纳金。
遵守税收征管要求，是软件企业合法纳税、避免税务风险的重要保障。